斷有很多層次。第一種，如守十善業、斷十惡，發誓不殺生是斷了殺，這是一種斷。又如比丘是圓滿一切戒、身三口四全部圓滿地斷一切惡。別解脫戒可以斷除其反面。第二種，如外道會修止觀達近分禪，修粗靜相—觀欲界生老等粗相，將上二界視為妙相，最後得正禪，這也是斷，因為會沒有貪嗔。又如菩提心很強時，對眾生會沒有嗔恨心，但不是真的沒有，不繼續修下去，有一天還是會生出。修世間道、菩提心會知道自己沒有嗔恨心，即使刻意去測試自己有無嗔心，也不會生出，但下輩子不繼續修，仍會生出。第三種是現證空性。先修止，在止的基礎上觀修空性。資糧道時了解空性，加行道時以止觀雙運修空性，最後用現證空性之智斷煩惱。所以有三種斷法：一是持戒，如比丘戒雖然有很多戒條，但二百多條都在身三口四中，不會涉及意。因此，雖然心中很氣惱，但未動手就不算犯戒，動手就犯戒。第二種，如修菩提心，這就不是壓抑，是正面想法提升、負面想法沒有，但是這也不是完全斷。第三種，是針對種子斷，如斷了分別煩惱，生生世世都不會再有分別煩惱，斷了俱生煩惱某品，生生世世也不會有。總之，歸類上，「斷」有三種，以戒斷除，以定斷除，以慧斷除。用語上都是「斷」，但內容不一樣。
要用最後一種斷法，一定要有現證空性的慧。斷煩惱即斷種子，見道斷分別煩惱，即斷分別煩惱種子，修道斷俱生煩惱大大粗品，即斷大大粗品的種子。要有現證空性的慧，在加行道時，就要對空性達止觀雙運，所以斷煩惱(或粗重)一定要有止觀雙運。若是第一種斷—斷十惡業，就不需要止觀。由定來斷相，就是將心牢牢放在善緣上，如此一來，負面的部分就會斷。現在貪求五欲，有禪定時，會對禪定有很好的覺受，相較之下，對外在的就沒有貪求，因為無貪，所以也不生嗔恨。就像以前喜歡喝可樂，現在已改喝咖啡代替，生起禪定亦同，三界很多煩惱都會斷，但是因為是用替代的方式，所以種子尚在。總之，用止斷煩惱，只能斷現行煩惱，無法斷種子；要斬草除根、斷完不會生起，就要以慧斷。
